Nachdem sich die Gymnasien des Zweckverbands weiterhin großer Beliebtheit erfreuen, der Schulbedarfsplan einen weiteren Zustrom erwarten lässt und zudem in Bayern die Rückkehr zum 9-jährigen Gymnasium beschlossen wurde, berät sich der Zweckverband 2018 über die Möglichkeiten, wie der zusätzliche Bedarf gedeckt werden kann. Schnell ist klar, dass nur das Gymnasium Höhenkirchen-Siegertsbrunn erweitert werden kann. Zusätzlich ist der Bau eines weiteren Gymnasiums erforderlich.
Nach umfangreichen Untersuchungen und Gutachten sowie Nachfragen bei den Verbandsgemeinden nach geeigneten Grundstücken und die Bereitschaft eine weiterführende Schule im Ort „aufzunehmen“, wurden im Frühjahr 2019 die Beschlüsse gefasst, dass das neue Gymnasium im Putzbrunner Ortsteil Waldkolonie entstehen soll. Das hierfür von der Gemeinde Putzbrunn zur Verfügung gestellte Grundstück befindet sich an der Oedenstockacher Straße.
Es folgt der Antrag beim Bayerischen Staatsministerium für Unterricht und Kultus auf Neugründung eines zunächst 4-zügigen staatlichen Gymnasiums in Putzbrunn. Die Zustimmung zur Errichtung des Gymnasiums in Putzbrunn wird schließlich Ende November 2019 erteilt
Dem Vorschlag des Zweckverbands die Ausbildungsrichtungen naturwissenschaftlich-technologisch und wirtschaftswissenschaftlich ebenfalls festzulegen, da hiervon das Raumprogramm der neuen Schule abhängig ist, wird im Frühjar 2020 ebenfalls gefolgt.
Es beginnt eine intensive Arbeitsphase. Der Architektenwettbewerb wird vorbereitet und auch die schulaufsichtliche Genehmigung bei der Regierung von Oberbayern beantragt. Ebenso müssen bereits jetzt Abstimmungen zu den Vorläuferklassen mit den bestehenden Gymnasien und dem Ministerialbeauftragten erfolgen, da auch diese Platz, Räume und Lehrkräfte benötigen.
Schließlich steht fest, dass das Gymnasium Neubiberg die verantwortungsvolle Aufgabe der Beschulung der Vorläuferklassen übertragen bekommt. Aus diesem Grund muss auf dem dortigen Gelände, auf der Fläche, wo zuvor die Baustelleneinrichtungsfläche für die Sanierung der Sporthalle und den Neubau der Einfachturnhalle war, ein Interimsbau erstellt werden. Dieser wird in Holzmodulbauweise erstellt und ermöglicht die Umsetzung moderner Lernkonzepte. Die Eröffnung erfolgte im September 2022.
Am 7.12.2021 geht das Büro Peck.Daam Architekten in Zusammenarbeit mit Kowollik Landschaftsarchitektur als Erstplatzierte aus dem Architektenwettbewerb hervor. Das Siegerteam kann sich auch im anschließenden Vergabeverfahren durchsetzen, so dass nun feststeht, dass der Siegerentwurf auch gebaut werden kann. Es beginnt die Planungsphase.
Anfang 2023 kann der Vorentwurf der Verbandsversammlung vorgestellt und erste Kosten können genannt werden. Da sich in der Reevaluation der prognostizierten Anzahl der Schülerinnen und Schüler zeigt, dass auch unter Berücksichtigung der Schulentwicklungen in der Umgebung mit einem weiteren Anstieg zu rechnen ist und nachträgliche Schulerweiterungen immer mit einem höheren Kostenaufwand verbunden sind, fällt die Verbandsversammlung die Entscheidung gleich einen 5-zügigen Bau anzustreben und hierfür eine schulaufsichtliche Genehmigung zu beantragen. Diesem wird umgehend stattgegeben.
Im Oktober 2023 ist es schließlich soweit. Die Baugenehmigung für die Vorabmaßnahmen wird erteilt und am 24.10.2023 erfolgt der offizielle Spatenstich.
Die Erteilung der Baugenehmigung für die Gesamtbaumaßnahme folgte Anfang Dezember, so dass nun der Ausführung nichts mehr im Wege steht
Knapp ein Jahr später folgt die Grundsteinlegung am 04.11.2024.
Das neue Gymnasium Putzbrunn wird zum Schuljahresbeginn 2025/2026 offiziell gegründet und ist dann eigenständig unter der Leitung von Herrn André Ruppert, der bereits als Schulleiter für die Schule im Aufbau benannt wurde. Da der Neubau planmäßig im September 2026 bezugsfertig ist, verbleibt das Gymnasium Putzbrunn in seinem ersten Schuljahr noch am Standort Neubiberg. Ein zunächst angedachter Umzug des Interimsgebäudes in das Gemeindegebiet Putzbrunn wurde aufgrund der hohen Kosten, notwendiger infrastruktureller Maßnahmen und nicht zuletzt aus Sicherheitsgrunden verworfen.